故事发生在一座名为清源市的小城市。
城内的狮尾山上，矗立着一个闪耀着七彩光芒的巨大物体。这个被命名为“莫诺之角”的物体，其实就是从16年前的“怪兽之日”事件开始就一直矗立在那里的“怪兽之角”。
在怪兽同时出现在世界各地之后的“怪兽之日”事件之后，怪兽灾害开始成为日常。在日本防卫军开始以武力对抗怪兽的同时，怪兽灾害预防科学研究所（统称SKIPScientificKaijuInvestigationandPreventioncenter）也持续在各地进行科学调查和疏散指导，以防止怪兽灾害的发生和灾害的扩大。这个组织仍在调查“怪兽之日”和城内“莫诺之角”的成因。
年仅七岁的“游马”和父母在狮尾山露营时，遭到了怪物的袭击。他奇迹般地活了下来，毫发无损。以此为契机，游马走上了研究怪物生物学的道路。尽管他有着痛苦的过去……
