基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。

本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

泊尔顿星上的兽型生命体被腐蚀能量控制心智，在陨星兽的操纵下变得穷凶极恶，誓必要夺走关乎地球存亡的星核能源。海澄和变形联盟继承了光能勇者最后的力量，以神圣之光净化腐蚀能量。净化后的超星兽纷纷加入变联小队，与变形联盟成员的基因石能源内核相互结合，激活全新的战斗技能，一同对抗陨星兽。

平凡的一天妹子突然出现在面前，无厘头的举动，带来无尽的惊喜惊吓？但是妹子其实都是为了帮助别人的助人为乐的好妹子。

一言不合就脑大洞开的变形美少女，无厘头的举动，带来无尽的惊喜惊吓？但是少女其实都是为了帮助别人的助人为乐的好女孩。

19世纪初，北极圈内:Archibald Witwicky船长(维特维奇家族的先祖)在一次灾难中随着巨大的冰块落入深渊，落到了埋藏在冰层之下的一个机器人手掌上。船长醒来后发现机器人的眼睛正注视着他。而这台机器人正是很久以前离开塞伯坦，前往地球寻找火种源(Allspark)的威震天(Megatron)……　　威震天将揭示火种源下落的地图烧刻在船长的眼镜上。眼镜作为船长的遗物一代一代地传到了山姆(Shia LaBeout饰演)的手里……　　现代社会：　　中东卡塔尔的某个美国空军基地遭到了狂派战士眩晕(Blackout)，他将这个基地完全毁掉，而且还从一台计算机里获得了大量信息。此外，眩晕还释放了巨蝎怪\萨克巨人(Scorponok)去追杀Lennox上尉和他的特别行动小队。Lennox上尉与五角大楼取得了联系，美国军方派遣一架战斗机暂时打退了狂派的小规模进攻。　　山姆•维特维奇(Sam Witwicky)从汽车代理商手里买到了他的第一辆车，而这辆车恰恰是博派的大黄蜂(Bumblebee)。大黄蜂帮助山姆赢得了Mikaela的芳心。博派前来寻找Archibald　老船长的眼镜，他们被迫躲藏在山姆家的后院，因为凶恶的第七防区(Sector 7)的特工突然闯进了山姆的家……　　影片将会采用五条故事线平行推进，最终汇总的形式。在影片的结尾会有一场博派领袖擎天柱(Optimus Prime)与狂派首领威震天的惊天大战。他们将从胡佛大坝一直杀到洛杉矶……　　为了追寻能量块，威震天来到了地球，在北极，他受到磁场的强干扰，意外被封冻于冰层之下。借助不慎跌入冰谷的科学家，威震天将有关能量块的信息扫描到科学家的眼镜上。威震天被美国军方秘密转移到位于胡佛大坝地下的秘密基地，这个秘密只有历任国防部长组成的7人军事小组知道。　　“霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，变形金刚的再次出现引起了现任国防部长的警觉，他组织一批年轻的电脑高手开始搜寻“霸天虎”的行踪。与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特威基家族的那副眼镜，而它现在的拥有者山姆由此成为了“霸天虎”攻击的目标。　　山姆是一个生活并不如意的高中生，学校里没有人相信他讲述的关于这副眼镜的历史，失望之余，山姆把眼镜放到网上拍卖，然而从未引起买家的兴趣。这时父亲送了一辆破旧不堪的汽车给他，这辆车恰好就是“汽车人”大黄蜂的变形。载着山姆的大黄蜂帮助山姆交上了漂亮的女朋友，但很快就遭遇了“霸天虎”的袭击，擎天柱带着其他“汽车人”赶到，一场机器人大战由此拉开了序幕。　　擎天柱告诉山姆，邪恶的威震天企图借助能量块的辐射能把地球上所有的东西都变成“霸天虎”部队的一员，由此打败“汽车人”，进而统治整个宇宙，而毁掉能量块的唯一办法就是将它插入两派变形金刚首领的心脏。作为坚决捍卫宇宙和平的汽车人的首领，擎天柱已经做好牺牲自己的准备。　　狡猾的迷乱变成了山姆女友的手机，进入了胡佛大坝下面的秘密基地，在释放威震天的同时，也将这个情报发送回“霸天虎”的总部。红蜘蛛于是带着其他的“霸天虎”成员吵闹、袭击、路障、旋风等迅速赶往胡佛大坝，与威震天会合。紧要关头，大黄蜂也向擎天柱发出增援的信息，爵士、铁皮、救护车在擎天柱的带领下，准备与“霸天虎”展开一场大战。　　在人类军队的配合下，山姆在千钧一发的关头将能量块插入了威震天的心脏，而爵士却在这场战役中不幸牺牲，山姆的好朋友大黄蜂也被重创。威震天的机械躯体被沉入海底，破损的能量块也回到了擎天柱的手中，然而故事却没有结束，临阵脱逃的红蜘蛛飞回了塞伯坦星球，他将和其他“霸天虎”重新集结，伺机重新杀回地球，与“汽车人”再战一场。