基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

孙晚宁为了保护当下的人类，在小海娜和江陵川的帮助下获取十二幻神的力量，与来自未来的负能量聚合体幻恶战斗，并在这个过程中逐渐找到失踪父亲的线索。

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。

泊尔顿星上的兽型生命体被腐蚀能量控制心智，在陨星兽的操纵下变得穷凶极恶，誓必要夺走关乎地球存亡的星核能源。海澄和变形联盟继承了光能勇者最后的力量，以神圣之光净化腐蚀能量。净化后的超星兽纷纷加入变联小队，与变形联盟成员的基因石能源内核相互结合，激活全新的战斗技能，一同对抗陨星兽。

天元有着中央突破、王道路线的含意。天元突破主要是呼应最终话“连天与次元都一并突破”此句，与围棋术语相同应该是兼用其涵义。也有天空或屋顶之意，依照剧情中主角一开始从地底出来，再到宇宙进行作战，就可了解此意，主角也常说是要突破天空的男人。这是一部热血又励志的作品。主人公西蒙与卡米那在地下深处的部落基哈村成长。为了扩建村子而开始挖洞的西蒙，发现了一具闪耀奇异光芒的小钻头与有张大脸的机械人。另一方面，神名相信在村子上方有所谓的「地面」存在，率领了名为「红莲团」的小混混集团打算突破天顶。某天，突然前来袭击村子的巨大机械人，还有一名以超传导步枪将之击退的美女庸子的出现，为他们的生活带来了改变.....

沃夫冈是个孤儿,来自月球自治城邦首都拉巴斯。父母在他出生不久,便因盖世堡之役阵亡, 抚养他的爷爷,也在距今三年前过世.沃夫冈年幼时,曾在POLA军方服役的爷爷常常讲父亲在盖世堡战役的故事给他听,并将他父亲描述为一个英雄人物。也因为这个缘故, 沃夫冈下定决心要从军报国,并以成为POLA王牌驾驶员为目标。