本作主角冈部伦太郎(宫野真守 配音)是一名患有严重中二病的大学生,自称“凤凰学园杀人魔”,与伙伴们在秋叶原成立了“未来发明研究所”,在简陋的实验室里进行着各种稀奇古怪的发明与调查。
2010年7月28日,冈部与青梅竹马的真由理(花泽香奈 配音)一起前往科学讲堂,结识了才华横溢的少女牧濑红莉栖(今井麻美 配音)。意想不到的事情发生了,冈部听到讲堂走廊里传来尖叫声,听见声音的他发现牧濑倒在血泊中。冈部用手机短信将此事告诉了好友桥田彻,这一举动让世界天翻地覆。实验室里所谓的“未来道具”确实能够影响世界的进程,而冈部从此成为了一个孤独的旁观者。
这一切都是命运石之门的选择。