“天使之卵”架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年与少女。 少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。 同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。 在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。 少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。

一本枪步太今年19岁，他的理想是成为一名画家。因为没能顺利考入理想的美术大学，步太目前正在积极准备重考。中学同学夏姬已经先他一步考取了大学，在周围的人看来，夏姬和步太是一对相当般配的情侣。 　　一天，步太在拥挤的地铁中邂逅了一位美丽的年长女性。步太对她一见倾心，从此念念不忘。几天后，步太去父亲所处的医院探病，出乎意料地与那位女性重逢。原来她正是父亲的新任主治医生五堂春妃，同时，也是夏姬的姐姐。步太深深地爱上了春妃。他不顾一切的热情和执着令春妃难以招架，但曾经有过感情创伤的春妃迟迟不愿接受步太的爱。在几经周折之后，两人终于心意相通，然而，等待着他们的却是残酷的悲剧……