隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠 饰）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”（李连杰 饰）。 　　王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕（丁岚 饰）后垂涎其美色，强行将其抢回府并欲酒后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。

少林寺方丈深知该寺迟早必有大劫，决定广收俗家弟子，以栽培及造成野草蔓地除之不尽之势。当时前往少林寺习武者有方世玉、胡惠乾、洪熙官等等。方世玉与胡德帝之父皆为人所殺，他们前來少林习武目的就是为父报仇。方与胡武艺学成，决定从木人巷闯出寺去。方与胡报仇后，发觉清兵已对少林寺展开偷袭行动，于是前往少林护寺……

20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。时群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰（刘德华 饰）纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在，副官曹蛮（谢霆锋 饰）伺机上位、妻子颜夕（范冰冰 饰）离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道（成龙 饰）、净能（吴京 饰）、净海（余少群 饰）、净空（释延能 饰）等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来……

二十集电视连续剧[新少林寺]是由李世民与王世充的一场决战拉开帷幕，展示了李世民一统华夏过程中历经的各种惊险和戏剧性的故事。李世民只身渡过黄河，在敌人王世充的“郑国”屡遭险境，多次得到少林僧侣奋不顾身的救护。剧中展示了十三棍僧各种奇异的个性，行侠仗义的传统美德。而李世民，在黄河南岸巧遇“郑国”公主浩泰，两人之间又发生了一场缠绵凄婉的爱情故事。与这场旷古奇谭爱情相映成趣的觉远和尚与牧羊女的爱情戏，更是锦上添辉。本剧展示了中华传统武术精髓，曲折起伏的历险故事，浪漫奇异的爱情传说，幽默可笑的细节。这一切交织成一部惊险与诗意相映成趣的长剧。 公元621年的中国，一位年轻的将军与一个练武的各尚结下了生死之交，他们并肩为正义而站，为信仰而战，当一切硝烟落定之后，年轻的将军成为了中国历史最强盛的王朝--唐朝的开国皇帝，而和尚所在的少林寺，成了唯一被皇帝允许练武的寺院，并渐渐树立在中国武术界的领导地垃，直到今天...

唐朝时期奸臣宦官李辅国撑握大权，一人之下万人之上。使得朝中忠臣不满，李铺国逼死大臣张茅仲，追杀其子张京云。但被人救到少林寺，成为少林俗家弟子，名明惠。 　　明惠结识了师叔了缘寄养在尹家的女儿玉玲。李辅国身边的统领蓝刚，因追杀明惠时。受了重伤，一直没有完全康复，招来李铺国轻视而不与重用。其女蓝小兰为了给父亲治伤，女扮男装假意进少林寺学艺，实则盗取少林寺的达摩易筋经。期间与明惠和玉玲成为了好朋友。后偷走经书离开少林。 　　师傅派明惠下山刺杀李辅国，师叔了缘带玉玲去找明惠， 一场灭国计划开始了。此时李辅国已经练就邪功，时男时女，一时无人能敌。李铺国身边最爱的女人雪子，本是了缘之妻，夫妇在刺杀李辅国时雪子被抓，与国产生感情。后雪子回到了缘身边，又被国找回，至此一直相守至今。当她发现玉玲是自己抛弃的女儿，也愧对丈夫了缘，则暗中处处帮忙他们。李辅国知道后，认为雪子背叛了自己， 出于二十年的恩爱感情，没有痛下杀手，只赶她而走。雪子和了缘玉玲一家团圆。但再一次被李辅国抓住，雪子为了救玉玲，说出了实情。原来当年雪子离开国去找了缘，发现自己怀孕了，子缘误以为自己是孩子的父亲大喜。待孩子出世后，国来找她，她不忍心带孩子走让了缘难爱，于是就把玉玲留给了缘了，也没告诉国。而玉玲一直不承认有这样的爹。 　　太子钟情小蓝，但小蓝和玉玲都爱着明惠，明惠也在两女间纠结。李辅国用药使得明惠失去记忆，并利用女人一面迷惑他，为自己办事。小蓝为救明惠，失身为明惠驱毒，并有了孩子。明惠感激，欲与她成亲，但她不愿，离开明惠。后中毒被发现，她希望明惠和玉玲能在一起，在两人的婚礼上死去。雪子不愿面对亲人和爱人之间的厮杀，而自愿死在李辅国的掌下，最终明惠报了杀父之仇，也为太子抢回了大唐江山。明惠和玉玲决定隐居。

隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。十三个平民百姓虽然出身不同，但都被乱世所害逼入绝境。经历了无数的腥风血雨，他们怀着家仇国恨，循入空门。但是黑暗势力依然不放过他们，死亡当头，他们为求自保，苦练武功。为了天下太平，这十三个和尚救护明君李世民，灭掉了凶残的王世充，演出了一曲英雄壮歌。

隋朝末年，天下大乱。各路诸侯自立为王，烽烟不断百姓遭殃。为了保寺济民，昙宗创立了“罗汉奇门棍阵”，此阵由“八卦”、“五行”组成，必须齐聚十三人。于是，昙宗边躲避王世充追杀，边寻觅可造之材，历尽艰险，收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、当朝国师桓法嗣、嗜武如狂的“姚汉武”、憨直的九斤、改邪归正的“王仁义”，以及少林寺的“僧丰”、“僧满”、“道广”、“智守”和昙宗本人组成了棍阵。

为了消除所有可能的民族主义分子，清皇帝下令摧毁少林寺——被认为是反满洲抵抗运动的焦点。寺庙被烧毁，幸存的106名少林弟子发誓要闯入皇宫，向暴君报仇雪恨。

二十年前，通天教主应天生因作恶多端被各大门派掌门围攻至死但元神不散，少林方丈将其收入宝盒放入少林寺塔顶。二十年后，少林弟子无花打扫塔顶被元神附身后下落不明，十年后，无花长大成人重出江湖发誓报三十年前之仇，先后杀死少林方丈与天山二老。江湖一片恐慌，均怀疑是应天生之弟马王庄庄主应天寿所为，吉天祥为调查真相夜闯马王庄，被应天寿之女应彩凤所救，应彩凤对吉天祥一见钟情。吉天祥离开后，应彩凤担心天祥安危离开马王庄四处寻找……