这是一部经典的美国的动画片。一天，一家工厂泄漏的有毒化学物质流到了纽约市的地下水道，这些化学物质令到四只平凡的小海龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形海龟，他们分别是米开朗基罗、达芬奇、拉斐尔和多纳泰罗，而一位忍术了得的日本忍者斯普林特也因为接触到这些物质而 变成了一只人形的老鼠。海龟们拜斯普林特为师傅，学习忍术和功夫，并在电视台记者范宝儿和爱玛的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的克朗和他爪牙施莱德展开了一场又一场斗争。

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件，让斯普林特更加眉头紧锁…… 　　原来非常富有的实业家马克西米林安·J·威特斯培养收集了一支由古老的怪兽组成的军队，正在对这个世界虎视眈眈，而惟一能够阻止他的，除了由超级神龟组成的忍者四人组，不做他想。里奥纳多·达·芬奇、米开朗基罗、多纳泰罗·爱因斯坦和拉斐尔，再加上一直以来都在帮助他们的忠实老朋友、女记者爱普尔·奥尼尔和凯西·琼斯，神龟们再一次被迫进入战备阶段。怪兽军队和臭名昭著的神秘忍者组织Foot Clan，他们都成了支持威特斯搞乱世界的帮凶。

通过接触一种叫做“奥兹”的神秘物质，4只生活在纽约排水管道里的小龟变异成了大龟。他们可以说话，直立行走，还喜欢吃比萨。一只聪明的老鼠斯普林特成为…

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿…

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战...

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第三集中，年轻的忍者神龟们回到了17世纪的日本，以解救阿博尔·奥尼尔。在那里，他们同样用自己的本领帮助起义军战胜一个邪恶的首领。

打击罪犯的忍者神龟们--米开朗基罗(迈克林·西提)，达芬奇(雷夫·提勒顿)，拉斐尔(肯·特伦姆)和莱奥纳多(马克·卡索)继续上演他们的超级英雄故事。这次…

城市需要英雄来拯救，黑暗降临纽约，大反派施莱德和他率领的异族用铁腕压制一切，从警察到政客都被其所控制。神龟们和无畏的女记者爱普莉尔以及聪明的摄像师菲诺通力合作，摧毁施莱德的恐怖计划，让这座城市重新恢复宁静。