战舰上，尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化，明日香告诉他，EVA的驾驶者受到EVA的诅咒，是永不会变化的。此外真嗣又得知，初号机中获救的仅得他一人，而他奋力从使徒手中救出的绫波丽并没有在初号机的驾驶舱里，不能接受这一事实的真嗣，更得知他再也不需要驾驶EVA，并被迫戴上炸弹项圈，只要他想离开战舰或登上EVA，美里就会引爆炸弹。听到这一切后，真嗣继续抑郁。与此同时，战舰受到EVA MARK09的袭击，从MARK09上感觉到丽的真嗣毅然跃入MARK09的手中离开战舰，美里直到真嗣离开到引爆器电波范围外都没能下定决心引爆炸弹。MARK09被8号机打掉头部。回到NERV本部的真嗣，看到荒芜的景象后震惊不已，在通道上他遇到正在弹钢琴的渚薰，之后再13号机制造室里遇到碇源堂，碇源堂让真嗣在13号机完成后和渚薰一起操纵13号机后就离开了。之后从碇源堂和冬月的对话里得知丽其实是被救出了但是和碇唯一样留在了初号机里了。真嗣和渚薰每天一起弹钢琴，两人关系变亲近，真嗣也渐渐恢复了精神。但是一直不解美里她们要叛变还不许自己再次登上EVA。渚薰带真嗣去看如今变成死地的地表并告诉他这一切都是14年前真嗣自己引起的。当时虽然真嗣只是一心想着要救丽，但他的行动直接引发 第三次冲击。而丽是他母亲的克隆。知道真相后的真嗣再度一蹶不振，认为驾驶EVA一点好事都不会发生。13号机完成后也拒绝行动，渚薰开导他并把戴在真嗣脖子上的炸弹摘下戴到自己的脖子上，告诉真嗣这炸弹本来就是准备用来炸死渚薰的。只要他们两人操纵13号机拔出朗基努斯枪和卡西乌斯枪的话，他们就能拯救世界。真嗣终于决定登上13号机。第13号机同绫波丽驾驶的Mark.09一起抵达了中央大垂直沟的最深处，在此薰看到Lilith和EVA Mark.06分别被长枪贯穿，然而在此，遭到明日香的改2号机和真理的8号机的袭击，薰此时拒绝出战。薰试图阻止拔出枪（2把都是朗基努斯之枪，并非一朗基努斯一卡西乌斯，朗枪在新剧场好像是有三把，而且在初号机觉醒之后还有很多情节都应该被编进第四部倒叙 另外还有破的演职员表之后有渚薰用卡枪把初号机刺穿阻止三冲并说一句这次一定只让你一个人幸福的剧情，再加上之后差点再一次毁灭世界可以确定真嗣和渚薰肯定是被碇源堂给忽悠了），但遭到真嗣的拒绝，将薰对EVA的控制切断（似乎本来是真嗣强行驾驶，在接近枪时傀儡系统启动了，因为真嗣说了一句怎么控制不能）拔出了两把枪。之后，第2使徒Lilith的尸骸土崩瓦解，潜藏在Mark.06体内的第12使徒重又开始活动。Mark.09将Mark.06的头斩落，出现黑色的带状使徒将第13号机绕起来，此时第13号机觉醒，全身布满核心的第12使徒迅速缩小，然后被吞噬。战斗再开，这次2号机战9号机，8号机战13号机。由于9号机整体都是核所以明日香无奈选择射出控制舱并引爆2号机，9号机里的丽也逃离。另一边，由于第四次冲击开始，薰脖子上的炸弹被引爆，可是冲击还是继续进行，玛丽强行射出真嗣的控制舱才阻止了冲击。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。