赤城山脚下永宁村，为了让久病缠身的娘病愈，顽童李修缘一心想成为大英雄，却总是好心办坏事，让村庄鸡飞狗跳。在遭遇了一场场险遇后，李修缘得知自己就…

十八年前，小蝶在雷电交加之夜横空出生，但她的出生却简接地害得全村大火，更烧死了她的亲生父亲，似乎她就代表了灾难。天庭上也得知了小蝶的出生，更查…

传说中的济公法力无边，妖魔鬼怪都不敢兴风作浪，惟水妖偶尔在钱江作怪，以洪水侵害百姓。一日，水妖联群结队的作怪，翻起千层巨浪，直扑民居，生灵途炭，水妖得势不饶人，化成滔天水龙卷，誓要鲸吞天下；在绝望之际, 英雄降临，济公破空而出，以雷霆万均之势将水妖打得落花流水。以为从此天下太平之际，却发现大鹏鸟正策阴谋大计欲征服人神魔三界，济公在胖仙童协助下找到玉帝下令，召来二郎神、雷震子、哪咜、九天玄女及伏虎罗汉共赴凡间降魔伏妖，惊天动地的仙妖斗法，在一次又一次的灾难发生中，人间有着被魔界取缔的危机。究竟是道高一丈，还是魔高一丈？

故事主要讲述邪恶的黑龙絜钩以苦厄、惊惧、哀伤等情绪为食，他给人间制造了一场瘟疫，并派妖龙鱼不惑和树妖蒲葵抓捕梦中的死对头李心远。在刺杀过程中，蒲葵被李心远救助百姓的善良、正直打动，渐渐动摇。刺杀任务一拖再拖，人间的苦难让恶龙积蓄了足够的力量，他来到人间欲亲自杀死宿命之敌李心远。蒲葵为了保护李心远，被烧成灰烬，只余一片蒲叶落到心远身边。李心远伤心欲绝，展开降龙大战。

本季承接上部剧情，讲述了因为投胎转世遭遇意外，而不得不“借尸还魂”的降龙罗汉，化身天台县县令洪少余，同伏虎罗汉、神龙元神投胎而成的小修缘一起，…

佛祖座下的大鹏鸟被神秘妖魔乾坤洞主所蛊惑，偷盗七件佛门至宝下凡，被十八罗汉阻止。大鹏鸟哄骗看守婆罗洞的胖瘦仙童越狱出逃，降龙罗汉 （ 张倬闻 饰）连忙追击，不料大鹏鸟自爆佛宝得以逃生，而降龙罗汉则受了重伤。佛祖命令降龙罗汉转世下凡捉拿大鹏鸟，但李氏女主人若兰却被乾坤洞主附身，降龙欲进入若兰腹中时被乾坤洞主偷袭，危急时刻他将护体金龙打入若兰腹中，成为胎儿之魂，而自身与乾坤洞主决斗后两败俱伤。七年后，降龙罗汉的藏身秘法破解，降龙罗汉元神重伤未愈，浑浑噩噩中附体在前往天台县上任县令却遇害身亡的洪少余身上，伏虎罗汉 （ 书亚信 饰）发现了洪少余的身份，并点醒降龙罗汉，但此时降龙罗汉重伤未愈，无法与已经七岁的金龙佛胎李修缘元神合一，于是伏虎化作凡人充当天台县师爷，与降龙一同保护李修缘，等待降龙罗汉伤愈在进行元神合一，成为真正的降龙转世。降龙罗汉附体的洪少余、伏虎罗汉化身的甄虎、护体金龙转世的小修缘、被罚下凡间的胖瘦仙童，因为罗汉护法而让先天死胎复生的剑仙之女小胭脂一起收妖魔、破悬案、护佑三界平安 。

天上降龙罗汉与众仙打赌，称在凡间会令三名凡人于一定时限内为他人作出牺牲，否则他愿再受轮回之苦。伏虎罗汉化身和尚济公来到人间，边游戏人间边普渡为生的间隙，他选中被老天所罚的九世乞丐、遭男人欺女人辱的妓女、杀人如麻的大盗为实验品。 　　凭 借鬼马机智巧妙安排一番后，济公与三人建立了良好的关系，而最终，九世乞丐与大盗被济公感化作出为他人牺牲之举，妓女更是一往情深爱上他，令他开始为是否自动放弃神仙身份留在凡间而烦恼。

南宋时期，杭州 灵隐寺住这一位疯癫和尚，人称济公（吕凉），传说为罗汉转世。他本姓李，祖上乃 宋太宗驸马。济公二十七岁出家，不戒酒肉，破衣拉撒，不知情者皆道其疯癫，却不知其实为 得道高僧。济公济困扶危，惩治强梁，经常用一些诙谐的小法术教训那些欺压百姓、鱼肉乡民的奸佞恶霸。恶人提起他又恨又怕，百姓们则对济公师父爱戴有佳。灵隐寺的长老圆寂之后，济公终于被广亮和尚逐出了山门，此处不留人，自有留人处。济公来到了南屏山下、西湖边上的 净慈寺。德辉长老慈悲为怀，又恐五百弟子怨言，佛门注重功德，便让济公出去寻镇寺之宝，若能寻回，便可名正言顺地收留济公。济公便踏上了“寻宝”之路......嘻笑怒骂，妙济公上演逍遥逸事！智活佛笑道人间传奇，轻松逗趣！

降龙（梁荣忠 饰）、哮天犬（何宝生 饰）和玉女（梁小冰 饰）因触犯了天条而被贬入凡间，他们必须经历人间的种种悲欢离合，行善积德，才能重返天庭。降龙和哮天犬投胎来到了李太医家中，成为了修元与释元，玉女则由一位姿色可人之女子变成了人人不忍侧目的丑八怪纪柔。 　　释元生得一表人才，又极富聪明才智，从小到大都是亲戚朋友们宠爱的对象，而修元则要愚笨的多，整个人呆呆傻傻，一窍不通。一次偶然中，修元在机缘巧合之下重获了前世的超人能力，因此渐渐获得了众人的赏识和信赖，而他和释元之间的关系则因为两人同时爱恋上了纪柔而变得紧张起来。