幕府末期,内忧外患,山河动荡,民不聊生,生命不断受到威胁。年幼的剑心因为善良纯洁的心,感动了飞剑流的宗师彦征十郎,被收为弟子学习剑术,改名为剑心。
国家危难之际,年幼的剑心怀着改变时代的梦想下山,加入了奇兵队伍。后来他被收为桂小五郎麾下,作为刽子手,为改变时代做出了小小的贡献。年仅15岁的剑心接连刺杀了不少政府要员,令对手心惊胆战,直到有一天,一名低级武士在他脸上留下了无法愈合的伤疤。
来到京都寻找爱人的雪城叶,与剑心相遇。正是眼前这个瘦弱的男人,将她的爱人从她的生活中夺走。巴走进剑心的生活,随后又经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡村的宁静优雅。也许她是剑心舞剑的剑鞘,但在大时代的背景下,两个人的小幸福,一指之隔便破碎了……