在一个阳光明媚的日子里，草帽海贼团的伙伴们正在某个海滩悠闲度假。然而泊在岸边黄金梅利号就在他们鼻子底下被人偷走。一个礼拜后，他们仍旧灰溜溜地在海上漂泊。正在为难之时，路修等人遇见小毛贼博洛德和阿基斯。这二人正打算前往发条岛盗取名贵的钻石钟，而黄金梅利号很可能就是盘踞岛上的扑克牌海贼团所窃。不久他们遇见扑克牌海贼团的船队，然首次交手便告失利，娜美更被对方虏去。为了找回船和同伴，并得到钻石钟，草帽海贼团与盗贼兄弟燃气斗志，向发条岛挺进……

路飞一行人得到消息——东之海面临毁灭。心系故乡的路飞等人决定讶中断冒险，立即返回。突然空中出现了一艘神秘的海盗船，船主竟是外号“金狮子”的著名…

在遥远的东海海域，有一位人称黄金大海贼的海盗名叫邬南。他从来不欺凌百姓，只与其他邪恶的海贼拼杀，并聚敛大量黄金，邬南将这些黄金藏在一个不知名的小岛上，不知去向。众海贼们无不垂涎于那座黄金山，而邬南手下当初绘制的藏宝图更成为海贼们竞相追逐的对象。　　再次遭遇饥饿困扰的草帽海贼团遇到了一心脱离贫困的小男孩飞男，从他的口中，路飞得知了邬南及其黄金岛的秘密，于是决定向小岛进发。与此同时，邪恶的海贼黄金龙也正驾船接近小岛。多支人马在小岛相遇，看来一场精彩拼杀在所难免。

路飞一行人来到了阿斯卡岛的码头城市，传说这个岛上隐藏着伟大航道上最美丽的宝刀已及令人眼花缭乱的财宝，当路飞等人饱吃一顿回到船时，却发现看守的卓洛不见了。 　　路飞等人到处打听卓洛的下落，并向正在进行仪式的少女玛雅询问。后玛雅因为惧怕海贼而逃跑了。追上去的路飞和乌索普迷路了。而山治等人随玛雅之后来到村子却被武装的村人误以为是坏人而兵刃相见。这时，海军剑士毕斯玛鲁库、布孔古及卓洛突然出现，卓罗毫不留情地将山治打倒，并夺去玛雅的三颗宝石，随着海军离去。 　　而迷路的路飞和乌索普却误入海军道场，与道场的师傅撒加及其弟子目玛展开对峙。而撒加更放言说卓洛是他们的伙伴，并用妖气环绕的长剑玩弄路飞。坚持战斗的路飞还是败下阵来，不敌的路飞和乌索普跌下山崖。 　　山治等人从玛雅祖母依扎亚那里听说到阿斯卡岛的妖刀的传说：过去，这把强大的妖刀将阿斯卡王国逼止灭亡。而这把妖刀七星剑在每百年一度的红色满月之夜，将会增加力量而苏醒，能够阻止妖刀复活的只有被卓洛夺走的宝石。拥有妖刀的撒加，被控制的卓洛，被分散了的草帽海盗团以及蠢蠢欲动的妖刀，一切将在红色满月之夜揭晓！

伟大航路上刮起强风暴雨，鲁夫一行在即将沉没的海贼船上发现了一个巨大的宝箱。他们兴奋的打开一看，里面不是金银财宝，而躲着一个镶金牙的老婆婆。其实老婆婆是被海贼抓住，眼见船将沉没所以才躲进箱子的。老婆婆以传说中的宝物，黄金王冠为条件，要求鲁夫他们将她送回自己的小岛。 机关岛的领主正是老婆婆的儿子，他误以为鲁夫是抓走老婆婆的海贼，不由听说地强行将老婆婆带走，鲁夫为了寻找黄金王冠开始在小岛上寻宝，可是岛上各种意想不到的机关圈套和巨大的钢铁巨兵正等着与他们展开猛烈的战斗！

伟大航路的黄金梅利号。阿拉巴斯坦的王女．薇薇也在船上。 　　被称为沙漠之国的阿拉巴斯坦王国，从以前就一直被不降雨的异常气像所困扰，为人民着想的国王．寇布拉身边，人人和平的生活着。但是距今两年前，雨变得只落在国王所居住的城市里，同时间，世界政府禁止制造、持有的人工降雨粉．跳舞粉也运往国王的身边。这事件成为国王与人民分裂的开端。相信身为父亲也是国王的寇布拉的薇薇，为了要把引起这异常气像并陷害国王的邪恶组织的身分曝光而离开她的国家。 　　而现在为了阻止万恶根源却是国家英雄的克洛克达尔，薇薇和路飞等伙伴一同前往阿拉巴斯坦，为了夺回被夺走的重要东西而奔走！ 　　在这时，阿拉巴斯坦掉入克洛克达尔设计的巧妙陷阱，国王军和反叛军即将陷入全面战争。克洛克达尔计划让两方陷入激战，打算弱化国家再趁机取而代之。被称为“理想乡”的作战计划，骨子里其实藏着他真正的目的。那就是得到不知沉睡在这个国家哪里的世界最邪恶古代兵器“冥王”，建立一个强大的军事国家。 　　另一方，到达阿拉巴斯坦的路飞一行人为了阻止内乱，便跟在薇薇的青梅竹马．寇沙所率领的反乱军后面，但是在那前面却出现克洛克达尔和他的搭档妮可、罗宾、冯克雷等手下阻挠！和恶魔果实能力者们的强敌苦战的路飞一行人。一步一步逼近国王军所在的宫殿的反乱军。国家整体陷入大混乱之中，薇薇在路飞的协助下抵达宫殿，但是国王的寇布拉却被克洛克达尔抓住，并在宫殿里设置了可以一次炸飞数千人的炸弹！距离王国崩坏剩下没多少时间，到底路飞他们，能凭着6个人就粉碎克洛克达尔的阴谋，让沙漠之国的恶梦画上休止符吗？

某天，草帽海贼团的诸位拾到一个漂流瓶。根据漂流瓶中的信息，在伟大航路上有一个娱乐至上的狂欢岛，靓女、美酒、佳肴应有尽有，是一个海贼中的海贼最值得去的地方。众人几乎未作过多迟疑，扬帆便向狂欢岛挺进。然而到达目的地才发现，这却是一个渺无人烟的荒凉小岛。当然好戏还在后头，他们很快便发现一个超级华丽的乐园。乐园的主人狂欢男爵承诺赐予众人天堂般的享受与欢乐，不过在此之前，他们还必须经过地狱般的试炼。已被“勇猛海贼”虚名冲昏头脑的路飞不顾众人阻拦，带着大家开始了一场莫名其妙的探险之中……　　本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2005年上映的第六部动画剧场版。

为了医治突然因高烧而晕倒的娜美，鲁夫等人来到有医疗大国之称的‘磁鼓王国’寻找医生。奇怪的是磁鼓王国似乎只有一位叫古蕾娃的医生，那是一个住在多雪深山城堡中的‘魔女’。 　　于是，鲁夫只好背着娜美前往雪山城堡，一路上他们遇到巨大兔子袭击，又遇上雪崩，筋疲力竭，好不容易才到达山顶城堡。最后，帮助他们的是和古蕾娃医生学习医术的蓝鼻子麋鹿‘乔巴’，正当众人希望乔巴能成为他们的伙伴时，竟遭炮弹袭击！！ 　　对城堡与鲁夫一行人猛攻的，是拥有恶魔果实能力的‘姆休鲁’，和舍弃国家逃亡的极恶国王‘瓦波尔’，为了抢回被攻占的城堡，古蕾娃医生与瓦波尔展开了对决！！ 　　同时，鲁夫也对瓦波尔发出怒吼，因为西尔尔克医生为了宣誓梦想而挂起的海贼旗被打断了，西尔尔克医生可是帮乔巴命名而且情同父子的挚友啊！ 　　‘这不是你能带着玩笑心情折断的旗子!!’ 　　倾注在海贼旗上，一个男人的热情。现在，就要在这座岛上造就奇迹～