在这部剧场版动画里面，犬夜叉和杀生丸兄弟两个将再次对绝！他们两个的父亲曾经留下了天生牙、鉄砕牙、丛云牙三柄以牙为名的宝剑，分别代表了天、地、人三界，而且拥有影响三界的力量，而今，第三柄丛云牙出现了！ 　　生丸和犬夜叉两兄弟继承父亲伟大的血统，从父亲那里承受了两把剑：铁碎牙和天生牙，但原来其实还有一把剑，就是传说中的丛云牙。第三把剑的传说就是：拿着那把剑的人，可以制理天下，和传说中的魔剑到处巡游。 　　赌上有血缘关系的兄弟生命，壮绝的战斗现在已开始了……

战国时代，大妖怪斗牙王与人类公主十六夜的儿子——半妖犬夜叉，因为自己半妖的身份受到人类与妖怪的排斥，为了成为真正的妖怪而想得到四魂之玉；而…

《犬夜叉》是根据日本漫画家高桥留美子所著同名作品改编的电视动画，故事讲述半妖少年——犬夜叉和穿越时空的少女——日暮戈薇，以及法师弥勒、驱魔师珊瑚、叉尾妖猫云母、小狐妖七宝一同对抗死敌奈落，并四处寻找四魂之玉碎片的冒险经历。

在很久以前(大约在犬夜叉被封印之前的200年前)，中国大陆妖怪(忽必烈汗)的飞妖蛾率领妖怪军团攻打日本，当时由支配西国妖怪的犬夜叉的父亲迎战，经过一伦激战，犬夜叉父亲成功击退了他们，同时用自己的牙将飞妖蛾他们封印；但是当戈薇回到过去将犬夜叉之封印解除及不小心用箭将“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方，其中有一块碎片飞至飞妖蛾的妖怪被封印的地方，令飞妖蛾儿子玛瑙丸苏醒并继承父亲的妖力，于是他便找犬夜叉报仇。目的不是夺取“四魂之玉”，而是要狙击持有铁碎牙的犬夜叉(相信是玛瑙丸为报复犬夜叉父亲用他的牙封印飞妖蛾一事)。 　　当犬夜叉及戈薇等人像平时在寻找“四魂之玉”碎片的旅途中时，途中受到袭击，经常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制；为救珊瑚而使出风穴的弥勒，竟然被琉璃复制“风穴”的能力，珊瑚和弥勒还差点被琉璃的风穴吸进去，幸好枫婆婆及时出现并要箭赶走她们…… 　　另外玛瑙丸却亲自找犬夜叉挑战，而且玛瑙丸手持的剑居然能令铁碎牙回复原状，犬夜叉经过几次打斗后竟然不敌被打倒，而玛瑙丸正想拾起铁碎牙时，却被它的结界所伤，于是便带走戈薇…… 　　戈薇被带至他们的巢穴，她更被玻璃用头上的玉与四魂之玉结合成一块红玉放在她的额头上。戈薇清醒后初时没有什么问题，直至犬夜叉救了她后，与及玛瑙丸取得新的力量后，戈薇整个身体被玛瑙丸控制，没有知觉的她竟然出手攻击犬夜叉与及用箭射他(重复桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的历史！)后来戈薇回复知觉时才知道自己所做的一切，此时桔梗突然出现并责备戈薇，更将她推落食骨井令她永远不要见犬夜叉！ 　　到底犬夜叉会否真的被封印？戈薇能否回到古代？珊瑚与弥勒怎样去应付琉璃与玻璃呢？苏醒了犬夜叉能否打败新力量的玛瑙丸呢？

故事发生在几十年才会出现在海上一次的传说之岛——蓬莱岛上，这里管事的是以龙罗为主的号称“四斗神”的兄弟帮派。在龙罗之下，有他二弟凶罗、三弟兽罗和四弟刚罗，在他们的统治下，岛上一片黑暗。不仅如此，在蓬莱岛上还囚禁着一群半妖小孩，四斗神对他们严加看管不许外出，但一个名叫小蓝的半妖少女想办法逃了出来并遇上了犬夜叉等人。与此同时，杀生丸也来到了蓬莱岛……到底杀生丸的目的是什么？岛上的半妖小孩们同四斗神是怎样的关系？蓬莱岛上有着众多的谜等着犬夜叉等人去探访。

与宿敌·奈落的最终决战！ 　　50年前，设下圈套让犬夜叉和桔梗互相憎恨的因缘之敌：奈落。在那一战后，犬夜叉被封印，桔梗也因为重伤而死去……同样是因为奈落的诅咒，弥勒的祖父的右手被打开了风穴，随时都会有可能被吸入并代代相传；珊瑚居住的驱魔师之村，也是因为奈落的圈套，而一夜之间惨遭灭族之灾…… 　　即将集齐四魂之玉的碎片，妖力提升了的奈落，在犬夜叉他们的面前现身了！为了切断罪恶的因缘，犬夜叉、戈薇、弥勒、珊瑚、七宝的最终决战即将开始。 　　持续数日的满月之夜、竹取的封印被揭开…… 　　弥勒隐约记得，祖父曾经封印过一只极为恐怖的妖怪……与此同时，连续数日的满月之夜开始了。就在这个时候，神秘的女子——天空姬·神久夜（辉夜姬）出现在众人面前…… 　　封印被揭开了，梦幻城的大门终于开启。天空姬·神久夜的正体究竟是什么？现在，《竹取物语》所隐藏的“恐怖的辉夜姬”传说的全貌，即将为您展开！

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。 　　安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子安贝等五样宝贝。渴望得到永远自由的神乐心甘情愿为其驱使，甚至向犬夜叉和琥珀发起攻击。为了阻止世界毁灭，犬夜叉一行人重新聚首，向神久夜所在的富士山进发……

《夜叉》是改编自深受欢迎的日本漫画家吉田秋生的原作。由于基因改良，一对兄弟拥有者超越常人的才能。他们既是天才，也是怪物。他们拥有高于常人数倍的智商及运动能力，可以完成许多常人难以想象的事。只是，由于生长环境不同，他们成了两个世界的人。哥哥静由生下他的代理妈妈抚养了12年，过了12年的幸福生活后，被带到了他最初诞生的地方——美国欧尼杰尼士研究所，在8年后成了天才博士。弟弟凛一直被秘密抚养，怀揣着自己的野心。他们彼此从未见面，直到8年后静因为要调查一起病毒事件回到日本。故事便开始了……当他们相遇，当静发现了所有一切的主谋是眼前对他微笑的弟弟，他们便成了故事中正义和邪恶的两个极端……

香港发生多起滥用私刑案件，受害者无一送命，却被执行了鞭刑，而这几个受害者都是明明有罪却当法庭无罪释放的人渣。他们被放后异口同声地称是一个带着面具，自称“夜叉”的人干的。人们闻“夜叉”色变，惶惶不可终日。高级警官华岂伦（陈小春饰）奉命调查此案，他选了即将退休又胆小怕死的老警察介叔（柯受良饰）做他的搭档，令人侧目。介叔以前也很勇猛，他的两个干儿子晓泰（古天乐饰）和子年（谢天华饰）也是警察，当年三人同在旺角警署工作，号称旺角三鹰……