1614年德川家康主宰天下期间，两个长久以来处于敌对的忍者村落——伊贺与甲贺，为了维护和平，二方祖先便订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。两个忍者村落的个别继承人胧(仲间由纪惠饰)与弦之介(小田切让饰)在偶然不知彼此身分之下相遇认识，进而坠入情网，但悲惨的宿命却正等候着他们两人。德川为了确实掌握政权，于是展开政治密谋，挑起两边村落间的冲突与对立，进而消灭对方的种族。两边分别各派出五名的忍者进行对战，十名忍者个个身怀绝技，更拥有特殊的超能力，将开始一场生死大对决，此时胧与弦之介将被迫成为敌人，两人必须背负起家族使命展开决斗……

故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。

忍法杀戮合战，再起。在庆长年间发生的第三代将军继承权的争夺，导致甲贺与伊贺两族爆发了忍法杀戮大战，战况可谓极为凄惨。置身于凋零而逝的花瓣中的…