小学时，游泳部四名成员在毕业前的游泳比赛中获得了冠军，之后他们毕业出国，四人各奔东西。时光荏苒，就读于岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好友立花诚（铃木达夫 配音）已步入高中二年级，并遇到了游泳部昔日成员之一的叶月渚（大长翼 配音），两人重逢。三人回忆起小学时光，相约前往昔日的游泳池。在废弃的游泳池里，意外遇见了回国的松冈凛（宫野真守 配音）。不料昔日的战友凛性情大变，向遥发起挑战，遥却败给了他。
遥、真琴、渚决定成立游泳部，经过多方努力，终于吸纳了新成员龙崎玲（平川大辅 配音），以县大赛冠军为目标，进行了紧张的训练。另一方面，凛所属的鲛ヶら学园游泳部也在备战，他们约定在赛场上一决高下。充满激情与活力的游泳部，在这个夏天开启了一段关于友情与青春的Free！物语。
