2043年7月1日，黑帮头子大雄将军（卢振宇 饰）落网。一周后，铁面无私的法官于铁雄（张卫健 饰）主持了审判。将军特意派他的黑社会爪牙健（郑伊健 饰）回到50年前找到铁雄并对他进行洗脑，使他无法主持审判。政府得知此事后，特派特警铁面（刘德华 饰）、扫帚头（张学友 饰）和胖星（任达华 饰）回到1993年保护铁雄。
当时，大雄是1993年某中学的留级生，经常被同学于吉安（许志安 饰）嘲笑和殴打，只有女友彩妮（杨采妮 饰）对他真心实意。飞龙特警三人潜入学校。扫帚头成了老师，铁面成了大雄的同学，星星成了大雄的跟班。他们帮助大雄打败了吉安，并向他打探铁雄的下落，但大雄却说学校里根本就没有铁雄这个人。此时，剑一伪装成老师潜入学校。另一方面，大雄的母亲想要和余承东复婚……飞龙特警最终能否完成任务？
