大家开开心心地生活着，直到有一天，皇太后 （ 赵敏芬 饰）带着晴儿 （ 王艳 饰）从避暑山庄回来了，皇太后认为格格们就应该乖乖的呆在宫里面，要有大家闺秀的气质，但没想到却会遇上小燕子这样的格格，又有皇后 （ 戴春荣 饰）和容嬷嬷 （ 李明启 饰）在旁挑拨，使得小燕子和紫薇 （ 林心如 饰）的生活过的如同水深火热之中。没想到这时香妃竟然被送入宫中，对皇上 （ 张铁林 饰）来说，是一个崭新的挑战，因为他从没遇到过有勇气抵抗他的美女，所以对香妃穷追不舍。但在香妃心中已经没有可容纳他的位置了，因为她的整颗心已经给了青梅竹马的蒙丹了。不打不相识，没想到以这种方式大伙儿认识了蒙丹，后又全盘了解蒙丹与香妃之间的海誓山盟，所以决定不计一切代价要让蒙丹和香妃长相厮守。在这期间，小燕子等人更认识了萧剑，一位来路不明的侠客。当时令妃娘娘 （ 赵丽娟 饰）刚好生了一位阿哥，也就是以后会当皇帝的十五阿哥，在满月筵席的那天，大家合力把香妃给送出宫去，皇阿玛一气之下决定要问斩两位格格。问斩当天，在众阿哥、格格以及妃子等人的求情下，皇阿玛已经决定要释放她们俩了，但一听到五阿哥永琪 （ 苏有朋 饰）以及尔康 （ 周杰 饰）逃狱后，一怒之下，发了个立即处斩的圣旨。大家原本以为还有一线希望，没想到等到的是这种结果，于是大家决定远走天涯。路途中皇后派人一路追杀，使得小燕子等人逃得更加狼狈，不但金锁与柳青跌落山崖，紫薇也瞎了眼睛，尔康更身受重伤。不过好在有萧剑的协助，使得大家得以平安的度过危机，不过因为萧剑和小燕子的态度暧昧不已，使得永琪醋劲大发。最后因萧剑解释才得知原来萧剑与小燕子是亲兄妹，永琪当然也就释怀了。另一方面，令妃娘娘一直规劝着皇帝，希望他能收回逮捕小燕子等人的命令，免得后悔也来不及了。没想到皇上派出去的人竟回报说有个男的受了重伤，有一对男女掉下悬崖，皇上一听才知道已经后悔莫及了，于是派了福伦下江南去寻找小燕子一伙人。没想到金锁 （ 范冰冰 饰）因祸得福，因墬堐的事件才了解到柳青对她的重要性，所以他们决定终身厮守。而且紫薇也奇迹似的眼睛复明了，之后金锁、柳青、柳红终于跟上了大家的脚步，于是大家帮金锁以及柳青办了一个简单、克难式的婚礼。此时，福伦带着一个好消息出现于大家的面前，那就是皇阿玛已决定赦免大家了，大伙儿终于可以回去紫禁城了。但大伙儿有感于皇阿玛的反复无常，所以决定不回皇宫了，他们打算去看看云南的风景。福伦有感于无法说动大伙儿回京，所以采取了拖兵策略，没想到竟等到皇阿玛亲自出马。但大伙儿还是不为所动，当皇上知道无法挽回时，于是当场就交给了两位格格每人一面免死金牌，而且告诉她们每人有三次机会，而且也给了他们去云南所需要的盘缠。