延续上集剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 配音)、长颈鹿梅尔曼(大卫·休默 配音)、河马罗莉亚(贾达·萍克特·史密斯 配音)和企鹅们,为了离开马达加斯加,回到色彩斑斓的纽约,修复改造了一架破旧的坠毁飞机并成功起飞。就在大家为终于可以返回纽约而欢呼雀跃时,飞机却意外降落在了非洲大草原上。在这里,狮子亚历克斯终于见到了父母。然而,由于生活习性不同,言语行为也不同,这群来自纽约的动物显得格格不入。在野外这种艰苦的环境中,这些曾经的纽约中央公园的动物明星该如何应对呢?虽然在这里遇到了自己的同类,但由于习性不同,没能完全融入他们的群体。为了融入环境,与同类人建立良好的关系,大家……