自人类诞生以来，“污秽”便不断出现，扰乱着世界的稳定与安宁。为了对抗污秽，一群名为“阴阳师”的人勇敢地站出来加入战斗，用他们的智慧与勇气守护着人类。少年炎魔殿利士（花江菜月 配音）立志成为史上最强阴阳师，然而因一场惨剧的发生，他意识到灾难已无法挽回，于是放弃理想，成为了路人甲。
某天，京都少女花乃弘旭（潘惠美 配音）出现在六吉身边，两人阴差阳错开始了同居生活。弘旭铲除污秽的决心逐渐感染了六吉，让他重新看到了希望，燃起了热情。与此同时，风车发现宏旭的哥哥石井裕斗（村濑步 配音）与那场令他失去一切的灾难有着千丝万缕的联系。
