在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥（基努·里维斯）发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩），也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯）的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。　　尼奥这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20XX年，人类发明了AI（人工智能），然后机器人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机器人的能源（太阳能），谁知机器人又开发出了新的能源——生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。　　尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在墨菲斯的训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，墨菲斯被捕，尼奥救出了墨菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，此时真实世界中的崔妮蒂紧依着尼奥和他对话，并深深地吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己有重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪，其他的特工程序吓得落荒而逃。

华纳官宣《黑客帝国5》正在开发中，拉娜·沃卓斯基担任执行制片人，《火星救援》的编剧德鲁·戈达德担任导演和编剧。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一…

尼奥被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界，而是一个地铁站。他醒来时遇到了一个印度小女孩和她的父母。“火车人”控制着该车站跟母体与机器世界之间的交通。墨菲斯、翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合。他们从“先知”那里知道尼奥的现状，去找梅罗纹奇要人，将尼奥带回现实。在跟“先知”交谈之后，尼奥明白了自己的使命。墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻。翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器世界的圣地。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的飞船借给尼奥。锡安城的人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU，和25万电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗。

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中…

《骇客帝国动画版》(The Animatrix)是一系列基于Matrix这一相同主题但又各自独立的动画短篇集，共有9部。其制作汇集了来自日本、韩国、美国三国的7位顶尖动画制作人，影片在“Matrix”——电影《骇客帝国》中的虚拟世界的基础之上，对“Matrix”的诞生、人类与机器之间的战争等等细节充分展开想象，勾画出Matrix世界里一幅幅不同侧面、精彩纷呈的景象。 这9部短片分别是： 1、《机器的复兴：第1部》Second Renaissance Part 1 2003年2月公布 2、《机器的复兴：第2部》Second Renaissance Part 2 2003年5月公布 3、《少年故事》Kid's Story 4、《虚拟程序》Program 2003年3月公布 5、《世界纪录》World Record 6、《超越极限》Beyond 7、《侦探的故事》Detective Story 2003年4月公布 8、《矩阵化》Marticulated 9、《终极战役》The final flight of the Osiris

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

DVD包含纪录片和1999年开创性电影《黑客帝国》拍摄的幕后花絮。包括对难以捉摸的作家/导演，沃卓斯基的一次罕见采访；演员和工作人员对生产过程的见解

讲述医学生Mia，发现在她所在的大学城使用了高度先进的生物黑客技术。当这一突破性的发现落入坏人手中时，她必须决定她站在哪一边，以及她愿意走多远才能…

证券交易所内，林艺正用在大户室盯蚜着股票k线焦急的关注着，股民们有兴奋有苦恼，一如往日的喧嚣，突然间所有电脑都停顿了，引起一阵很肘大的骚动，五分…